Sự lây lan của virus SARS-CoV-2 giữa chồn (Neovison vison) và con người tại Đan Mạch – Số Volume 27, Số 2 – Tháng 2 năm 2021 – Tạp chí Bệnh truyền nhiễm mới nổi – CDC

Sự lây lan của virus SARS-CoV-2 giữa chồn (Neovison vison) và con người tại Đan Mạch - Số Volume 27, Số 2 - Tháng 2 năm 2021 - Tạp chí Bệnh truyền nhiễm mới nổi - CDC

vison

Đã có các bằng chứng về sự lây truyền của virus SARS-CoV-2 giữa chồn và con người

Trong nghiên cứu này, chúng tôi đã tiến hành thu thập mẫu máu và mẫu vòm họng, mũi và phân của chồn và con chồn con (Xem bảng 1); chúng tôi cũng lấy mẫu thức ăn và không khí. Chúng tôi đã kiểm tra RNA virus bằng phản ứng chuỗi ngược chuyển tiếp tế bào thấu kính (qRT-PCR) (7). Chúng tôi đã tiến hành ELISA kháng thể SARS-CoV-2 Ab (Beijing Wantai Biological Pharmacy Enterprise, http://www.ystwt.cn) như được mô tả (R. Lassaunière et al., unpub. data, https://doi.org/10.1101/2020.04.09.20056325). Các mẫu RNA SARS-CoV-2 dương tính đã được xác định trình tự và trình tự được sắp xếp sử dụng phần mềm Mafft (https://mafft.cbrc.jp/alignment/server/index.html). Phân tích phân tử học đã được tiến hành trong MEGA 10.1.7 (8) sử dụng phương pháp thời gian tối đa hóa phủ sóng tổng quát kết hợp với các trang trại đã biết và gamma (2 loại) (9).

Các phân tích đã được thực hiện cho chồn tại Đan Mạch liên kết đến COVID-19

Chúng tôi đã chọn các trang trại chồn để điều tra vì có các trường hợp COVID-19 liên quan đến chúng. Trong các cuộc kiểm tra ban đầu, chúng tôi đã lấy mẫu 30 con chồn trưởng thành có vẻ khỏe mạnh; chúng tôi đã kiểm tra người lớn và con chồn trong các cuộc kiểm tra theo dõi. Chúng tôi đã phân tích các mẫu serum để xác định kháng thể SARS-CoV-2 và kiểm tra các mẫu vòm để xác định RNA SARS-CoV-2 (Xem bảng 1; phụ lục). Trong quá trình lấy mẫu ban đầu, tỷ lệ kháng thể dương tính trên trang trại 1 (> 95%) và trang trại 3 (66%), nhưng, ngược lại, chỉ 3% trên trang trại 2. Tuy nhiên, sau khi nhiễm trên trang trại 2 lan rộng, như được biểu thị bằng việc gia tăng tỷ lệ RNA virus (Xem bảng 1), tỷ lệ kháng thể tăng lên vượt quá 95%.

READ  Mệnh Hỏa nên chọn màu xe gì để mang đến tài lộc, may mắn?

Virus SARS-CoV-2 đã được phát hiện trong không khí và thức ăn

Các mẫu không khí từ trang trại 1 không có kết quả dương tính. Tuy nhiên, trên các trang trại 2 và 3, nhiều mẫu lấy từ không khí thở ra từ chồn hoặc trong phạm vi 1m từ chuồng đã cho kết quả dương tính, mặc dù có giá trị Ct khá cao (> 31). Không có mẫu không khí thu thập từ bên ngoài nhà mà cho kết quả dương tính. Các mẫu thức ăn thu thập từ mỗi trang trại không có kết quả dương tính.

Phân tích trình tự virus SARS-CoV-2 từ các mẫu chồn

Chúng tôi đã xác định trình tự RNA SARS-CoV-2 từ các mẫu từ mỗi trang trại chồn. Các loại virus được tìm thấy trên các trang trại 1-3 rất tương tự nhau (Xem bảng 2). Các trình tự này và các trình tự từ con người (H1-H9) liên quan đến các trang trại lây nhiễm thuộc nhóm châu Âu 20B trên cây phát sinh SARS-CoV-2 toàn cầu (10,11) (hình vẽ; phụ lục bảng 1). Chúng tôi đã lưu giữ các trình tự genom SARS-CoV-2 của virus từ trang trại 1 (SARS-CoV-2/mink/DK/AD3_Farm1/2020) trong GenBank (số tiếp nhận MT919525-36). Các trình tự này khớp chặt với một trường hợp con người, được chẩn đoán vào giữa tháng 5, có liên quan trực tiếp đến trang trại 1. Trình tự chỉ số này (chỉ có 91% trọn vẹn) khớp với các loại virus chồn tại vị trí nt 15656 (hiếm toàn cầu) nhưng có A tại nt 22920 (Xem bảng 2). Nt 25936 trong trường hợp chỉ số không thể xác định. Bảng phái sinh địa phương (Hình phụ lục) cho thấy các trình tự chồn từ trang trại 1 rơi vào 3 nhóm phụ (xác định bằng các thay đổi nucleotide tại các vị trí 5421 và 22920), nhưng các trình tự từ con người liên quan (H1-H9) và chồn trên trang trại 2 và 3 nằm trong nhóm phụ 2 (Hình phụ lục).

READ  Mùng 1 Tết Nguyên đán Giáp Thìn 2024 là ngày mấy dương lịch?

Phân tích trình tự virus SARS-CoV-2 từ các mẫu chồn

Chúng tôi đã tìm thấy 9 đến 11 thay đổi nucleotide (chủ yếu là phi đồng nghĩa) giữa trình tự chồn ở Đan Mạch và trình tự tham chiếu Wuhan-Hu-1 (Xem bảng 2). Một đột biến tại nt 23403 (dẫn đến thay thế D614G trong protein nhọn) đã xuất hiện trong tất cả các trình tự từ chồn ở Đan Mạch và Hà Lan, ngoại trừ NB02 từ Hà Lan (Xem bảng 2) và là phổ biến nhất trong dân số người ở Jutland (hình phụ lục bảng 1) và trên toàn thế giới (12). Tuy nhiên, một đột biến khác (nt C25936T [là cDNA] mã hóa H182 thành Y trong ORF3a) đã xuất hiện trong tất cả các trình tự chồn từ Đan Mạch (Xem bảng 2) và trong các trường hợp con người (H1-H9) liên quan đến chồn đó. Thay đổi này không được tìm thấy trong các trình tự SARS-CoV-2 con người từ Jutland trước ngày 10 tháng 6 năm 2020 (Hình phụ lục bảng 1), nhưng đã đạt tần suất khoảng 40% trong giai đoạn từ ngày 10 tháng 6 đến ngày 1 tháng 7 năm 2020 (Xem bảng 2; Hình phụ lục bảng 2). Đột biến này chỉ được tìm thấy hiếm khi trong các trình tự SARS-CoV-2 khác (11) (Hình phụ lục bảng 1), nhưng lại xuất hiện trong chồn trang trại NB03 từ Hà Lan (SARS-CoV-2/mink/NED/NB03_index/2020; Số tiếp nhận GenBank MT457400.1).

Các đột biến khác trong trình tự gen của virus SARS-CoV-2 từ các mẫu chồn

Một đột biến khác trong gen nhọn (A22920T, mã hóa Y453 thành F) có mặt trong 4 trình tự trên 8 trình tự từ trang trại 1, trong tất cả các trình tự từ trang trại 2 và 3 và trong 5 trình tự trên 6 trình tự từ trang trại NB02 ở Hà Lan (5). Thay đổi này không có trong trường hợp chỉ số hay dân số con người ở bất kỳ đâu trước ngày 10 tháng 6 nhưng sau đó được phát hiện trong con người liên quan đến trang trại (H1-H9) và ở Jutland (Xem bảng 2; Hình phụ lục bảng 2). Cuối cùng, đột biến trong gen khung đọc mở 1b (C15656T, mã hóa T730 thành I) chỉ có mặt trong trình tự chồn/con người từ Đan Mạch (Xem bảng 2) và một trình tự từ New Zealand (Hình phụ lục bảng 1).

READ  Bí quyết Đổi hàng: Part #: 656520

Đọc thêm